No ano de 1991, os líderes internacionais da JOCUM se reuniram no Egito. Foi a primeira vez que se reuniam no Oriente Médio.  O líder da JOCUM para o Norte da África foi convidado a participar dessa reunião. Alguns meses antes da reunião, enquanto esse homem estava carregando algumas varas para construção de tendas, ele tropeçou e caiu sobre umas das varas que acabou perfurando e tornando cego um de seus olhos. Quando ele chegou para a reunião no Egito, Deus falou com alguns dos líderes através desse terrível acidente. Um deles teve a impressão de que Deus estava dizendo “Vocês tem olhado para o mundo muçulmano com apenas um olho.”

Por causa disso, os líderes da JOCUM sentiram que a missão como um todo deveria concentrar mais sua atenção nas necessidades do mundo muçulmano. Foram durante as reuniões de oração que se seguiram que nasceram os “30 Dias de Oração pelo Mundo Muçulmano”, o “Pacto do Mar Vermelho” e a “Caminhada de Reconciliação”.

Nos anos subseqüentes cada uma dessas iniciativas se tornou uma parte significante da história da JOCUM. O “Pacto do Mar Vermelho” se tornou um dos documentos fundamentais da JOCUM. Os “30 Dias de Oração pelo Mundo Muçulmano” que era começou como uma pequena iniciativa dentro da JOCUM foi adotado também por denominações e organizações por todo o mundo. Em 2001, no ano de seu décimo aniversário, milhões de pessoas pelo mundo oraram juntas pelas necessidades dos muçulmanos usando 1 milhão destes guias de oração que foram produzidos em 35 idiomas diferentes.

Durante a “Caminhada da Reconciliação” os cristãos percorreram a distância de mais de 1.500 milhas da Primeira Cruzada, proclamando verbalmente e por escrito o arrependimento pela forma que as Cruzadas representaram incorretamente Jesus. A caminhada marcou o aniversário de 900 anos dessa Cruzada e culminou em Jerusalém em 1999. Mais de 2.500 pessoas participaram e alguma parte dessa Caminhada. Onde quer que fossem os participantes encontravam uma recepção surpreendentemente positiva pela mídia, pelos muçulmanos, cristãos ortodoxos e os judeus. Só na Turquia foi estimado que 70% da população ouviu a mensagem.  O prefeito de Istambul comentou “Esse projeto é muito importante para a Turquia. Você pode ver o quanto significa para o povo turco quando os vê aplaudindo pelas ruas”.

A dedicação da JOCUM para alcançar os muçulmanos e outros povos não alcançados deu um passo à frente no ano de 1995. Os lideres internacionais se reuniram e nomearam Jim Stier para a nova função de Presidente da JOCUM. A liderança internacional também esclareceu sua própria função oficializando o novo nome: Conselho de Liderança Global. Logo após essa reunião o Presidente Jim Stier anunciou um novo alvo internacional: até o ano 2.000 adotar em oração, estudo e ministério 1.000 povos não alcançados.

Esse foi um dos vários alvos novos da JOCUM depois do evento de 1991 quando Loren visitou a pequena ilha de Piticairn, a última das 229 nações em que a JOCUM estaria ministrando.

Em Junho de 1995, os últimos refugiados cambodianos deixaram a Tailândia. Este foi o fim de um dos capítulos da história da JOCUM e o início de outro. Obreiros experientes acompanharam os refugiados de volta a sua casa e iniciaram ministérios de misericórdia no Camboja e por todo o sudeste asiático. Em meados dos anos 90, apesar da implantação de igrejas não ter sido a intenção inicial do trabalho com os refugiados, 52 igrejas acabaram surgindo no Camboja como resultado da presença cristã em um só campo de refugiados.

No ano de 2000, com a aproximação de seu 40° aniversário, a JOCUM apresentou sua nova logomarca e também se preparou para a apresentação de seu novo Presidente. A esta altura a missão já contava com mais de 11.000 obreiros em mais de 130 países. Para refletir e liderar essa diversidade a JOCUM criou uma nova função de liderança, o CEO  que foi ocupada pelo ex-presidente Jim Stier, fez da presidência uma posição rotativa de três anos de duração e nomeou Frank Naea que é tanto samoano como maori como o primeiro presidente não ocidental. Isso refletiu a própria JOCUM que havia se tornado mais de 50% não ocidental.

No evento comemorativo do quadragésimo aniversário da JOCUM em Mangere na Nova Zelândia, essa diversidade cultural foi celebrada junto com então Presidente Frank Naea. O evento que foi chamado de “Hui” (que em maori quer dizer “encontro”) teve uma semana de duração e apresentou expressões culturais de todos os tipos em quatro palcos diferentes que estavam sendo projetados simultaneamente através de videoconferência para quatro continentes.

“Eu estou maravilhado”, comentou Loren Cunningham.  “… maravilhado por poder ser parte desta missão que é tão diversificada e global e que possue pessoas tão especiais. Eu amo estar junto de pessoas tão radicais. Eles são radicais na sua forma de louvar e celebrar da mesma forma ser radicais em sua forma de se arrepender e chorar diante de Deus”. Ele continuou… “Acho que o futuro será muito mais glorioso do que o passado. Essa é minha expectativa!”

Em 2003 os Navios de Misericórdia tornaram-se um ministério independente. Ao mesmo tempo a JOCUM iniciou um novo plano global chamado 4K que tem como objetivo avançar com o trabalho de alcance as áreas mais necessitadas do mundo. “Acredito que estamos à beira da maior multiplicação já vista na JOCUM”